Вполне возможны и эпизодические глюки сцепления, например если ведомый диск на шлицах первичного вала заедает из-за отсутствия смазки. А может привод сцепления чудит.
Чинить. Это ж не езда, да и в КПП синхронизаторы и муфты включения сильней изнашиваются. Но начинай с простого, проверь привод сцепления, может просто отрегулировать..