Климат,кондей? Если климат - запусти для начала самодиагностику.
Имхо здесь воздуховоды не при чем,скорее всего,заслонку соответствующую подклинивает(может,даже теми же осколками,в нее попавшими).
Посмотри здесь
http://volkswagen.msk.ru/index.php?p=sk_octavia1_1u в разделе кузов.
Если надо,могу ПДФ-ку Климатроника на мыло скинуть.(Пиши в ЛС)
ЗЫ Машину и движок в подпись поставь.Для экономии своего и чужого времени.