Думаю, что там же, где у Пассата - в блоке комфорта
Как до него правильно добраться, ничего не сломав и покорежив - лучше посмотреть мануал здесь: http://volkswagen.msk.ru/index.php?p=page09 И удачи!
У суперба каждый мотор стеклоподъемника имеет свой блок управления,
они стоят прям на моторчиках подъема стекол,т.е. в дверях.Попробуйте их обучить.Ключом поднять и опустить стекла.В этом режиме они запоминают крайние положения.Если все исправно должно помочь.